眾所周知，p-1030、p-1032和p-9005這3個試劑盒都是用來檢測總體水平的5mC、5hmC和m6A的量，不能檢測單個基因的。那么現(xiàn)在就來聊聊，如何檢測單個基因的DNA甲基化水平，比如DNA 5mC甲基化水平、5hmC甲基化水平，以及RNA m6A甲基化水平。

一、如何定量檢測某基因的DNA 5mC甲基化水平？

如果是檢測總的，一個p-1030或者p-1034就可以搞定，簡單快捷，結(jié)果還好看。但是針對特定基因的話，就不能用這么用了，參照以下：

1.BSP是甲基化檢測的金標準，這里就不細說了。主要說說MSP—甲基化特異性PCR。MSP的實驗過程簡單來說就是提取樣本中的DNA進行亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換，zui后將轉(zhuǎn)換的DNA進行定量PCR，由此來確定特異基因甲基化修飾。Cat#p-1026 BisulFlash DNA Modification Kit 搭配 Cat#p-1028 Methylamp MS-qPCR Fast Kit

搭配描述：用戶可用自己的方式提取DNA，再用p-1026進行亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換，轉(zhuǎn)換后甲基化的5-mC保持不變，沒有甲基化C轉(zhuǎn)換成U。之后用p-1028進行MS-qPCR，針對目的基因設(shè)計一對靶向甲基化區(qū)域的引物進行PCR即可。而且用我們的MS-qPCR可將時間縮短到70min（1h 10min）鐘喲，普通的一般需要（2.5h）

轉(zhuǎn)換流程和結(jié)果展示：

2.IP是個非常常用的技術(shù)手段，有些人以為IP只能下拉蛋白，是不是？IP抗體+磁珠，下拉下來的不就是蛋白嘛！但是，如果你現(xiàn)在需要的IP試劑盒是含有5mC的DNA對吧？Cat# p-1015：Methylamp Methylated DNA Capture (MeDIP) Kit Cat# p-1052：EpiQuik MeDIP Ultra Kit 搭配 Cat# p-1028：Methylamp MS-qPCR Fast Kit Cat# p-1029:  EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit

搭配描述：用戶可用自己的方式提取DNA，再用p-1015或者p-1052進行5mC甲基化DNA下拉富集，再用p-1028進行甲基化特異性PCR實驗，進行特異基因甲基化的定量。也可以使用p-1029進行qPCR。

富集流程+結(jié)果展示：

二、如何定量檢測某基因的 5hmC甲基化水平？

關(guān)于DNA羥甲基化的定量檢測，檢測總的話就是p-1032，基于ELISA的方法，可進行的定量。而特異基因的5hmC檢測參照的方式與5mC的一樣，也是先IP下來所有的5hmC DNA，再進行定量檢測。

Cat# p-1038：EpiQuik Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation (hMeDIP) Kit 搭配 Cat# p-1029:  EpiQuik Quantitative PCR Fast Kit

搭配描述：客戶可用自己的方式提取DNA，再用p-1038進行5hmC甲基化DNA下拉富集，再用p-1029，進行特異基因5hmC甲基化的定量。

富集流程+結(jié)果展示：

三、如何定量檢測某基因的 RNA m6A甲基化水平？

很多小伙伴想用p-9005這個試劑盒來檢測單個基因的m6A的量。但是，它也不能檢測單個基因的RNA m6A的量。所以，至于如何進行單個基因的，先進行IP，再進行PCR實驗，這里就多了一步反轉(zhuǎn)錄。Cat# p-9018：EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment (MeRIP) Kit Cat# 202-003：m6A 抗體 搭配 Cat# p-1029:  EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit

搭配描述：用戶可用自己的方式提取RNA，用p-9018進行m6A RNA富集，將富集后的m6A RNA進行發(fā)轉(zhuǎn)錄后，進行qPCR。也可以使用p-9018和202-003 m6A抗體，進行IP實驗，適用實驗類型多，物種廣。

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文章來源：如何定量檢測目的基因甲基化水平

https://www.amyjet.com/featured/m6a-5mc-5hmc.shtml