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原位雜交；原位雜交（in situ hybridization）將標(biāo)記的核酸探針與細(xì)胞或組織中的核酸進(jìn)行雜交，稱為原位雜交！

使用DNA或者RNA探針來檢測與其互補(bǔ)的另一條鏈在細(xì)菌或其他真核細(xì)胞中的位置。

以菌落原位雜交為例：對分散在若干個瓊脂平板上的少數(shù)菌落（100-200）進(jìn)行克8隆篩選時，可采用本方法。將這些菌落歸并到一個瓊脂主平板以及已置于第二個瓊脂平板表面的一張硝5酸纖維素濾膜上。經(jīng)培養(yǎng)一段時間后，對菌落進(jìn)行原位裂解。主平板應(yīng)貯存于4℃直至得到篩選結(jié)果。

原位雜交中探針的選擇

DNA探針、RNA探針和寡核苷酸探針均能通過不同的酶促分子反應(yīng)進(jìn)行標(biāo)記。寡核苷酸探針的長度較短，因此避免了探針內(nèi)部退火的問題，在雜交時的滲透能力也更好，探針與靶標(biāo)的接觸這是影響原位雜交是否成功的重要因素之一。DNA探針、RNA探針在合成時需要控制探針片段長度，通常300-1000bp左右，能覆蓋到較長片段的靶核酸序列，增加檢測的靈敏度。

使用分支DNA信號擴(kuò)增的RNA FISH

Invitrogen? ViewRNA?和PrimeFlow?檢測是使用分支DNA信號擴(kuò)增 (bDNA) 來檢測特異性信號的直接熒光RNA ISH方法。 使用獨(dú)立但兼容的信號擴(kuò)增系統(tǒng)讓RNA靶標(biāo)的多重復(fù)用成為可能。 熒光RNA原位雜交檢測分為四個主要步驟：樣本制備、靶標(biāo)雜交、信號擴(kuò)增以及檢測。 該方法可實現(xiàn)更高的特異性，更低的背景值和更高的信噪比。